注：蛋白组与转录组的回归图。该散点图展示了转录组与蛋白组数据的回归分析结果：横轴代表转录本表达水平（log2转换后的FPKM/RPKM/TPM值）。纵轴代表对应蛋白质表达水平（log2转换后），拟合线：线性回归模型（y = βx + α）的可视化。决定系数（R² = N），转录本水平可以解释约N%的蛋白质丰度变异。

注：九象限图。九象限图是对数据进行分类分析的常见方法。一般是利用水平和垂直分割线将图表区域分为九个象限，从左到右，从上到下分别为象限1-9。其中象限1,9表示mRNA与对应的蛋白差异表达模式不一致。象限2,8表示蛋白差异表达，对应mRNA无变化。象限4,6表示mRNA差异表达，对应蛋白无变化。象限3,7表示mRNA与对应的蛋白差异表达模式一致。象限5表示共表达的mRNA和蛋白均非差异表达。

注：蛋白组与转录组的Venn图。该图展示了转录组与蛋白组数据的整合分析结果，包含三个关键区域：红色区域：代表仅在转录组中检测到表达的基因（共检测到N个转录本），蓝色区域：代表仅在蛋白组中鉴定到的对应基因产物（共检测到N个蛋白质），重叠区域：代表在转录组和蛋白组中均被稳定检测到的基因-蛋白对应关系（共N个）。

注：差异表达蛋白与转录本比较分析Venn图。该图通过集合重叠关系展示差异蛋白与转录本的比较分析结果。

注：蛋白组与转录组的差异结果柱状图。该柱状图展示了在蛋白组和转录组分析中，差异表达的蛋白质和转录本的数量及变化趋势。横轴代表不同的差异蛋白或转录本，纵轴表示它们的数量。红色柱状图代表在实验组中显著上调的蛋白或转录本，蓝色柱状图则代表显著下调的蛋白或转录本。通过观察该图，我们可以直观地了解蛋白或转录本上调和下调的数量差异。

注：蛋白（A）和转录本（B）的差异分析火山图。横坐标通常表示差异倍数的变化，常用log2(FC)来表示。差异越大的蛋白或转录本分布在两端。纵坐标通常表示差异分析结果的统计显著性，常用-log10(pvalue)来表示，越靠近顶部的点表示在两个样本中的表达差异越显著。其中红色点表示蛋白或转录本在处理组相比于对照组显著差异上调，蓝色表示显著差异下调，灰色表示无显著差异。

注：转录组与蛋白组不同调控关系下蛋白的GO功能气泡图。横轴代表经过log2转换的富集倍数；纵轴详细列出了不同的GO功能描述。图中的点代表了各个GO功能分类。点的颜色深浅反映了富集的显著性水平，颜色越红，意味着该GO功能分类中的差异蛋白富集越显著。此外，点的大小与GO功能分类中蛋白的数量直接相关，点越大，说明该功能分类中包含的蛋白越多。

注：转录组与蛋白组不同调控关系下蛋白的KEGG通路富集分析气泡图。横轴代表经过log2转换的富集倍数；纵轴列出了不同的KEGG通路描述。图中的点代表各个KEGG通路。点的颜色深浅表示富集的显著性水平，颜色越红，代表该通路的富集显著性越强。此外，点的大小直接反映了该KEGG通路中包含的蛋白个数，点越大，说明该通路中的蛋白越多。