福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed andParrffin-Embedded，FFPE）是一种常用的组织学处理方法，主要用于保存临床组织样本，具有储存量多、稳定性高和随访信息完整等特点，非常适用于开展回顾性临床研究。FFPE样本的蛋白质组学分析成为一种重要的方法，用于从患者的FFPE组织样本中提取并分析蛋白质，进而挖掘疾病机制、研究分子亚型、发现潜在的生物标志物，并为临床治疗提供决策支持。
高深度FFPE蛋白质组研究的主要步骤包括：FFPE样本收集、脱蜡复水、蛋白提取、肽段酶解、质谱检测、生信分析等。
