在定量组学分析中，一般采用实验组与对照组蛋白或修饰位点信号比值的计算方式，来量化它们在不同生理或实验条件下的表达水平变化。为了验证这些表达变化是否具有统计上的显著性，使用R包Limma对三次以及以上的独立重复实验进行差异表达分析，以获得相应的p value值。当差异倍数大于设定的阈值且pvalue值小于0.05时认为该蛋白或修饰位点的表达水平具有差异。
注：火山图。横坐标通常表示差异倍数的变化，常用log2(FC)来表示。差异越大的蛋白分布在两端。纵坐标通常表示差异分析结果的统计显著性，常用-log10(pvalue)来表示，越靠近顶部的点表示在两个样本中的表达差异越显著。其中红色点表示蛋白在处理组相比于对照组显著差异上调，蓝色表示显著差异下调，灰色表示无显著差异。
注：差异热图。横坐标通常代表不同的样本，如实验组和对照组的样本。纵坐标代表不同的蛋白，这些蛋白通常是经过筛选后具有显著差异表达的蛋白。颜色的深浅表示蛋白在不同样本中的表达量高低。一般来说，红色代表高表达，蓝色代表低表达。
