蛋白组学与代谢组学的联合分析,是从功能执行层面和表型结果层面对生物体系进行多角度、多维度的整合解析。通过质谱技术获取蛋白质和代谢物的全谱数据,进而整合分析其表达变化和相互关系,可以更加系统、精准地揭示生命活动的调控机制。
注:蛋白与代谢物的差异结果柱状图。该柱状图展示了在蛋白组和代谢组学分析中,差异表达的蛋白质和代谢小分子的数量及变化趋势。横轴代表不同的差异蛋白或代谢小分子,纵轴表示它们的数量。红色柱状图代表在实验组中显著上调的蛋白或代谢小分子,蓝色柱状图则代表显著下调的蛋白或代谢小分子。通过观察该图,我们可以直观地了解蛋白或代谢小分子上调和下调的数量差异。
注:火山图。横坐标通常表示差异倍数的变化,常用log2(FC)来表示。差异越大的蛋白或代谢物分布在两端。纵坐标通常表示差异分析结果的统计显著性,常用-log10(pvalue)来表示,越靠近顶部的点表示在两个样本中的表达差异越显著。其中红色点表示蛋白或代谢物在处理组相比于对照组显著差异上调,蓝色表示显著差异下调,灰色表示无显著差异。
注:差异蛋白与差异代谢物表达相关性热图。该研究通过对蛋白和代谢物的表达水平信息进行斯皮尔曼相关性计算,旨在揭示两者之间的关联。以相关性检验p value < 0.05 作为相关性显著的条件,构建了相关性热图。该热图以横向为差异代谢物的聚类,纵向为差异蛋白的聚类,红色表示正相关,蓝色表示负相关。通过该热图,可以直观地展示蛋白和代谢物之间的相关性模式,帮助研究人员深入理解生物学过程中的复杂调控关系。
注:蛋白与代谢物的共表达关系网络图。通过斯皮尔曼相关性分析,筛选出显著相关的蛋白和代谢物,并基于这些相关性构建了它们的共表达关系网络。网络中的连线表示蛋白与代谢物之间的调控关系,其中蓝色连线表示蛋白与代谢物之间的负向调控关系,红色连线则表示正向调控关系。此外,网络中每个节点的大小代表该蛋白或代谢物在网络中的度,即与该节点相连的其他节点的数量。节点的度越大,表示该蛋白或代谢物在网络中的调控作用可能越强,参与的生物学过程或通路越多。这种共表达关系网络图有助于直观展示蛋白和代谢物之间的相互作用和调控机制,以及它们在生物学系统中的相对重要性。
注:差异蛋白和差异代谢物KEGG通路图。蓝色表示该代谢物或蛋白在通路中被下调,红色表示上调,橙色则表示该通路中的代谢物或蛋白既有上调也有下调,表现为混合效应。这样的图示方式有助于清晰地展示在不同通路中,代谢物或蛋白的变化趋势与富集显著性。该图全面展示代谢物和蛋白在KEGG通路中的富集情况,并突出其在不同生物学通路中的表达模式。
注:差异蛋白和差异代谢物KEGG通路富集分析气泡图。横气泡图展示了差异蛋白和差异代谢物的KEGG通路富集分析结果。图中的横轴表示富集倍数,纵轴为对应的KEGG通路名称。代谢物用三角形标记,蛋白用圆形标记。气泡的颜色反映了富集的显著性,其中红色表示富集显著性越强。气泡的大小则表示在该通路中涉及的代谢物或蛋白的数量。