通过液质联用技术（LC-MS/MS）对IP、Co-IP、Pull-down等纯化样本中的蛋白混合物进行分析，能够同时鉴定目的蛋白及其相互作用蛋白，从而构建目标蛋白的蛋白质相互作用网络。技术原理包括对样本进行非靶向扫描分析，获取质谱数据，并将质谱数据与物种的理论蛋白质数据库进行比对，从而精确识别样本中的蛋白质及其氨基酸序列。该方法既适用于蛋白混合物经SDS-PAGE分离后进行胶内酶解的质谱分析，也适用于在溶液内酶解的质谱分析。
适合用于IP、Co-IP、Pull-down方法制备的SDS-PAGE胶条鉴定或蛋白质溶液鉴定
